Udział w Soborze Watykańskim II

W latach 1962-1965 kard. Wyszyński brał czynny udział w pracach Soboru Watykańskiego II, najpierw w jego przygotowaniu, a potem w obradach wszystkich czterech Sesji. Podczas pierwszej sesji soborowej został mianowany przez papieża Jana XXIII członkiem Sekretariatu do Spraw Nadzwyczajnych, a później przez kolejnego papieża Pawła VI, członkiem Prezydium soboru. Wielokrotnie przemawiał podczas spotkań plenarnych, składał pisemne memoriały, prowadził wykłady czy udzielał wywiadów. W nurt prac soborowych włączył cały Kościół w Polsce, inicjując w nim modlitwy w intencji Soboru m.in.: Czuwania Soborowe z Maryją Jasnogórską. Biskupi polscy złożyli na III Sesji Soboru specjalny memoriał do Ojca Świętego z prośbą o ogłoszenie Maryi Matką Kościoła i oddanie Jej świata. Dokonało się to 21 listopada 1964 roku, na zakończenie III Sesji. Papież Paweł VI ogłosił Maryję Matką Kościoła.

Orędzie do biskupów niemieckich

Kardynał Wyszyński był też jednym z inicjatorów słynnego orędzia biskupów polskich do biskupów niemieckich z 1965 r. Na zakończenie obrad Soboru Watykańskiego II, w przyjętym przez Prymasa liście biskupów polskich do niemieckich, napisano m. in.: „W tym ogólnochrześcijańskim, a zarazem bardzo humanitarnym duchu wyciągamy do Was nasze dłonie z ław kończącego się Soboru, udzielamy przebaczenia i prosimy o przebaczenie. A jeśli wy – biskupi niemieccy i ojcowie soborowi – ujmiecie po bratersku nasze wyciągnięte dłonie, wówczas dopiero będziemy mogli ze spokojnym sumieniem obchodzić w Polsce nasze Milenium w sposób całkowicie chrześcijański.” Słowa te spotkały się z niemal histeryczną nagonką ze strony władz komunistycznych.

W 1972 dzięki jego długoletnim staraniom Stolica Apostolska ostatecznie potwierdziła polskie diecezje na ziemiach zachodnich i północnych oraz uznała granice zachodnie PRL.

We wrześniu 1978 r. kard. Wyszyński odbył podróż do Niemiec, która upłynęła pod znakiem chrześcijańskiego przebaczenia oraz pragnienia jedności i pokoju. W Fuldzie delegacja polska spotkała się z niemiecką Konferencją Episkopatu. Ponadto odwiedziła Kolonię, Monachium, Dachau, Frankfurt i Moguncję. „Europa – mówił wówczas Prymas - musi dostrzec ponownie, że jest ona nowym Betlejem – dla świata, dla ludów i narodów. (…) Wśród współczesnych wojen i wieści o wojnach, Europa – która otrzymała przez Kościół powszechny pokój, jakiego świat nie jest zdolny dać, nie może być ciągle fabryką amunicji, międzynarodowym targowiskiem i dostawcą broni, nie może nadal być poligonem dla doświadczeń wojennych, czy też miejscem samoudręki ludów i narodów.”

Krytyk watykańskiej Ostpolitik i promotor wiary na Wschodzie

Kard. Wyszyński nie zgadzał się z watykańską Ostpolitik – polityką wobec państw bloku komunistycznego, którą oceniał jako zbyt ugodową - i w związku z tym miał trudne relacje z kolejnymi sekretarzami stanu Stolicy Apostolskiej, począwszy od Domenico Tardiniego, a skończywszy na kard. Jean-Marie Villotcie z czasów Pawła VI.

A korzystając ze swych nadzwyczajnych pełnomocnictw był swego rodzaju łącznikiem ze Stolicą Apostolską dla katolickich księży pracujących za wschodnią granicą Polski. Notatki Prymasa ujawniają, że w 1957 r. otrzymał od papieża Piusa XII szczególne uprawnienia „facultates specialissime” dotyczące katolików obrządku łacińskiego żyjących na terenie Związku Sowieckiego. Te nadzwyczajne uprawnienia były Prymasowi Polski przedłużane przez kolejnych papieży. W październiku 1978 r. przed audiencją u Jana Pawła II Prymas zapisał, że poprosi go o konfirmację uprawnień z 1957 r., gdyż jego zdaniem „są one jeszcze potrzebne”. 26 października 1978 r. zostały mu one przyznane na kolejne lata.

W ramach tych uprawnień kard. Wyszyński dokonywał tajnych święceń duchownym potajemnie działającym w ZSRR. 30 czerwca 1967 roku udzielił sakry biskupiej ks. Janowi Cieńskiemu w prywatnej kaplicy prymasów Polski w Gnieźnie. Tajnie wyświęcony biskup miał uprawnienia sufragana (biskupa pomocniczego) archidiecezji lwowskiej. Kolejną ważną postacią z sowieckiej Ukrainy, która miała kontakt z kard. Wyszyńskim był prof. Henryk Mosing ze Lwowa. 20 września 1961 r. w Warszawie otrzymał z rąk kard. Wyszyńskiego święcenia diakonatu, natomiast w nocy 21 października 1961 r. święcenia kapłańskie. Odbyło się to w ścisłej tajemnicy w klasztorze ss. Służebniczek Krzyża w Laskach pod Warszawą. Profesor Mosing przez wiele lat działał jako kapłan, nielegalnie docierając do najdalszych zakątków Związku Sowieckiego. Prymas Wyszyński wyświęcił także szereg innych kapłanów pracujących w ZSRR, ale ich liczby dokładnie nie znamy,

Ważną częścią posługi Prymasa na Wschodzie było zbieranie informacji o sytuacji Kościoła na tych terenach. Informatorami byli zarówno duchowni, jak i ludzie świeccy. Jednym z ważnych rozmówców Prymasa był ks. Władysław Bukowiński, łagiernik i kapłan pracujący w Kazachstanie który od 1965 r. miał możliwość odwiedzania rodziny w Polsce.