Jedyną dostępną kryptą w Sanktuarium, będącą jednocześnie jednym z najstarszych miejsc Jasnej Góry, jest ta znajdująca się w tzw. przybudówce kaplicy Matki Bożej. Tam w 36. niszach wykutych w skale pochowani są ojcowie i bracia paulini. Ich kości złożono we wspólnym grobie 13 października 1836 r. po 7-godzinnym nabożeństwie żałobnym.

W krypcie spoczywa m.in. o. Pius Przeździecki - niezłomny wobec władz carskich, aż trzykrotnie przez te władze usuwany z Jasnej Góry. W 1895r za przynależność do tajnego związku księży absolwentów petersburskiej Akademii Duchownej został zesłany przez do guberni pezneńskiej, gdzie rozwinął działalność duszpasterską wśród miejscowych Polaków, a także ludności prawosławnej. Po powrocie na Jasną Górę zaangażował się w prace społeczne w Częstochowie i w innych ośrodkach. Z gronem paulińskich «zelotów» (zapaleńców) zainicjował duszpasterstwo stanowe, szczególnie wśród nauczycieli i robotników.

Kolejny generał Paulinów pochowany w krypcie to o. Piotr Markiewicz, który uchodził za wybitnego kaznodzieję i działacza społecznego czynnego w większości akcji podejmowanych przez radę miejską i diecezjalną w Częstochowie, zwłaszcza na polu oświaty i działalności charytatywnej a także opieki nad pielgrzymami.

W podziemiach spoczywa także o. Alojzy Wrzalik, który był generałem Zakonu Paulinów w najtrudniejszym dla Polaków czasie komunistycznych prześladowań lat 50-tych XX wieku i stanął w obronie uwięzionego Prymasa Wyszyńskiego.

W krypcie pochowani są też przeorzy Jasnej Góry: o. Kajetan Raczyński, odważny obrońca Jasnej Góry zwłaszcza w okresie stalinizmu, nieugięty wobec władz komunistycznych, prześladowany i za to więziony przez te władze w latach 1950 i 1952r., o. Norbert Motylewski, niezłomny przeor czasu II wojny świtowej. Jest o. Polikarp Rawicki, zakonnik ratujący w czasie II wojny światowej życie wielu ludziom, w tym także Żydom, pracujący w ruchu oporu, a także profesor w tajnym nauczaniu.

W podziemiach pochowany był także jeden z najbardziej znanych paulinów, o. Augustyn Kordecki, bohaterski przeor Jasnej Góry z czasów potopu szwedzkiego. 24 marca 1673 r. mnisi odprawili nabożeństwo żałobne, a doczesne szczątki swego przeora złożyli w najbardziej zaszczytnym miejscu, pod ołtarzem Matki Bożej. W 1973 r., z okazji uczczenia 300. rocznicy śmierci o. Kordeckiego wystawiono odnalezioną urnę z jego prochami. Znalazła ona swe stałe miejsce w zaszklonej niszy lewej ściany Kaplicy Matki Bożej. Na tablicy z czarnego granitu można dziś przeczytać słowa Adama Mickiewicza: „Polska nie ma geniusza czynnego o takiej potędze, jak bierny geniusz owego mnicha ...”.

Od 1968 r. zmarli ojcowie i bracia paulini chowani są na miejskim cmentarzu św. Rocha w Częstochowie.

Krypy w podziemiach Kaplicy Matki Bożej udostępnione są dla pielgrzymów przez cały listopad.